Voor de effectiviteit en de legitimiteit van veel overheidsbeleid zijn de verhoudingen en de samenwerking tussen verschillende bestuurslagen essentieel. Interbestuurlijke verhoudingen zijn dan ook een belangrijk thema in de advisering van de ROB.
Dit thema komt bijvoorbeeld terug in de advisering over systeem- en stelselverantwoordelijkheid. De ROB beschouwt systeemverantwoordelijkheid als een gezamenlijke verantwoordelijkheid van betrokken overheden (en private organisaties) voor het besturen van systemen, zoals op het terrein van zorg.